Для настройки l2tp vpn в mikrotik выполните следующую последовательность действий.
Идем в раздел IP -> Pool и добавляем пул ip адресов для vpn туннеля.
Создаем профиль для туннеля в PPP -> Profiles.
На остальных вкладках настройки дефолтные. Далее создаем пользователя в PPP -> Secrets.
Теперь запускаем l2tp сервер. Идем в PPP и жмем в кнопку L2TP Server.
Устанавливаем настройки для l2tp сервера. ipsec пока не включаем.
VPN сервер настроен. Последний штрих. Создаем статический маршрут, с помощью которого абоненты локальной сети сервера смогут подключаться к абонентом локальной сети за удаленным роутером через vpn. Идем в IP -> Routes и добавляем маршрут.